参与项目设计全过程的深中通道管理中心总工程师宋神友认为，深中通道是世界知名“隧-岛-桥-水下互通”集群工程，项目6.8公里特长双向八车道海底钢壳混凝土沉管隧道具有五大技术难点，分别是超宽、变宽、深埋、回淤量大、挖砂坑区域地层稳定性差，更具技术挑战性，是目前为止世界技术难度较大的工程之一。
事实上，双向八车道海底沉管隧道在世界上没有先例，创新的结构方案钢壳混凝土沉管，每个标准管节的尺寸为46 10.6 165米，是国内首创，国际上也是首次大规模应用，存在极大的技术挑战。
宋神友表示，钢壳混凝土沉管结构的管节构件尺寸大大超出了既有国外工程案例的经验范围，目前国内亦缺乏成套的钢壳混凝土沉管隧道技术标准和规范，加上项目共32个管节，每个管节用钢量约1万吨，体量相当于一艘中型航空母舰的船体，1节/月的工期要求对钢壳制造能力提出了很大的挑战，受航道水深条件及干坞预制场制约，管节浮运距离远、沿基槽横拖距离远，浮运安装风险大。
为应对这些技术挑战，管理中心秉承创新驱动建设理念，从结构理论、设计方法、技术标准、材料、施工工艺、智能制造、装备、检测方法等方面开展一系列的科技攻关，取得了丰富成果，不仅为沉管隧道施工图设计及项目建设提供技术支撑，还填补了国内钢壳沉管隧道建设技术空白。